Jeremy, aelita, ulrich, odd y yumi no saben que al llevar a eva skinner a la fábrica abandonada le han revelado a su peor enemigo cómo acceder a lyoko. y no sólo a él, pues el despiadado agente del grupo terrorista conocido como green phoenix les estaba siguiendo. así, cuando jeremy reúne los mundos de lyoko y la primera ciudad, x.a.n.a. recupera su antiguo poder y decide aliarse con el green phoenix, activando la terrible arma oculta en el corazón del mundo virtual
